本縣114學年度(114年8月1日)開始，試辦大學區制。
分為七個大學區：湖西鄉、白沙鄉、西嶼鄉、望安鄉、七美鄉、馬公市澎南區、馬公市非澎南區(市區學校加上中山、石泉、東衛、興仁四所，共9所，為一個大學區)
114學年度開始，在規定的班級數、人數未滿額的前提下，都可以自由選擇同一大學區的學校入學。(如果跨大學區還是要遷戶籍喔!)
若是滿額學校則有優先順序。

要轉入本校的，如果是準備讀藝才班就沒差，不用遷戶籍。
如果是普通班，8/1後，就照大學區制規定。如果是7/31以前，還是照舊制，必須是本校學區。

114年4月家長們開始收到一年級新生入學通知單，通知單上面可能照舊寫原學區的小學，例如中興國小、中正國小、文澳國小、文光國小、中山國小、石泉國小、東衛國小、興仁國小，以上8個學校都可以在114.5.1(四)於本校教務處報到，或自4/21開始在線上報到。

如果是收到入學通知單後才轉學至本大學區，就要到學校現場報到。